Infekce, jejichž původcem jsou bakterie, díky antibiotikům ve valné většině případů nemají šanci výrazněji ohrozit lidské zdraví. Společně s tím, jak jsou však tyto léky používány stále častěji, objevujeme též jejich nepříjemné vedlejší účinky. Jedním z nich jsou i trávicí obtíže.
Průjem je poměrně častou nepříjemností při užívání antibiotik. Během léčby totiž dochází k likvidaci 
veškerých bakterií v těle – avšak i těch, které jsou nám prospěšné a mají v těle určité funkce. Dochází tak i ke zničení bakterií střevní mikroflóry a narušení rovnováhy v trávicím systému. Tento účinek mají zejména tzv. širokospektrální antibiotika, která postihují širší škálu bakterií a nejsou konkrétně zacílena proti určitému druhu.
Sám o sobě sice průjem nemocného vážně neohrožuje, avšak může léčbu zkomplikovat a u některých osob může při těžším průběhu vést k dehydrataci a celkovému oslabení organizmu. K tomu jsou náchylní zejména senioři, chronicky nemocní lidé a děti, u kterých může k odvodnění dojít rychle.
Zmírnění střevních obtíží
Prevencí a zároveň velmi vhodnou léčbou střevních obtíží je podávání probiotik. Ta si můžete zakoupit v lékárně a začít je užívat již od počátku léčby společně s antibiotiky. Podpoří růst střevní mikroflóry, která pak lépe odolá vedlejším účinkům antibiotik. Při průjmu je třeba omezit mastná, kořeněná a těžká jídla. Nutný je dostatečný příjem tekutin.
Riziko dehydratace
Nejdůležitější je dodržování pitného režimu a pravidelné sledování stavu nemocného, aby u něj nedošlo k dehydrataci. U malých dětí lze sledovat velkou fontanelu na hlavičce, která bývá při výrazném odvodnění vkleslá. Děti se jeví apatické, ospalé, mají oschlé rty a sliznice. U starších lidí je i za běžných podmínek méně pociťována žízeň, je tedy nutné příjem tekutin hlídat. Při dehydrataci je opět zřejmá únava a menší napětí pokožky – pokud vytvoříte mezi prsty kožní řasu a pusťte, dochází k navrácení do běžného stavu jen velmi pomalu.
Pokud při braní antibiotik průjem neustává a nemocného vyčerpává, je třeba situaci konzultovat s lékařem. Ten může rozhodnout o změně předepsaných léků.
Další možné vedlejší účinky antibiotik
Často zmiňovaným negativem opakovaného užívání antibiotik je zvýšení odolnosti bakterií na jejich působení. Pokud jsou antibiotika předepisována neuváženě nebo je pacienti užívají bez dodržování doporučení lékaře, může dojít k tomu, že bakterie na ně postupem času přestávají reagovat. Po nasazení antibiotik se může objevit též alergická reakce. U nízkého počtu pacientů dochází ke vzniku anémie, poškození sluchu nebo ovlivnění tkáně ledvin.